Nguồn nước mặt: Yên Bình có nguồn nước khá phong phú, diện tích mặt nước lớn; Sông suối trải đều trên địa bàn huyện, nhất là hồ Thác Bà và sông Chảy nằm trong địa bàn huyện.
- Hệ thống ngòi, suối: Yên Bình có gần 40 con suối lớn nhỏ, suối phân bố tương đối đều trên địa bàn, đặc điểm của ngòi, suối ngắn, có độ dốc nhỏ về mùa mưa thường xảy ra lũ ống, lũ quét gây thiệt hại đối với sản xuất và gây khó khăn cho việc đi lại của nhân dân.
- Hồ Thác Bà có tổng diện tích trên 15.900 ha là tiềm năng lớn cho việc nuôi trồng và đánh bắt thuỷ sản cũng như xây dựng các điểm du lịch sinh thái trong tương lai.
- Nước ngầm: Yên Bình nằm trong vùng chứa nước đệ tam, đệ tứ nhưng lưu lượng nhỏ 0,11 m3/s, sử dụng tốt cho việc đào giếng phục vụ cho sinh hoạt của nhân dân. Về chất lượng nước (trừ khu dân cư tập trung ở thị trấn, thị tứ) còn lại nhìn chung nước chưa bị ô nhiễm, độ khoáng hoá thấp 190mg/lít, độ cứng nhỏ từ 3 - 4mg/lít, độ PH từ 7 - 8, phần lớn đảm bảo xây dựng các công trình nước sạch.
