Theo tài liệu nghiên cứu khảo sát địa chất bản đồ tỷ lệ 1:500.000 (năm 1965); bản đồ tỷ lệ 1:200.000 (năm 1972); bản đồ tỷ lệ 1:500.000 (năm 1989-1995). Với đặc điểm địa hình Yên Bình nằm ở cả hai đối cấu trúc địa chất sông Hồng và sông Chảy có liên quan đến một số khoáng sản sau:
- Đá vôi hóa chất (đá vôi hoa hóa): Có độ trắng cao trên 54%, diện tích khoảng 300 ha, tập trung ở các xã Mông Sơn, Mỹ Gia trữ lượng trên 200 triệu m3.
- Đá vôi dùng làm vật liệu xây dựng, sản xuất xi măng có cường độ chịu lực trên 500kg/cm2, trữ lượng trên 250 triệu m3 có ở các xã Mỹ Gia, Mông Sơn, Phúc Ninh.
- Chì (Pb); Kẽm (Zn) có ở xã Mỹ Gia, xã Cảm Nhân trữ lượng khoảng 200.000 tấn.
- Pyrit: Trữ lượng khoảng 100.000 tấn có ở Mỹ Gia.
- Cao lanh: Trữ lượng khoảng 273.000 tấn tập trung ở xã Đại Minh
- Fenspat: Có ở Chóp Dù xã Đại Đồng trữ lượng khoảng 1.050 tấn, ở thôn Quyết Tiến xã Đại Minh có khoảng 27.075 tấn.
- Barit: Trữ lượng khoảng 100.000 tấn ở xã Đại Minh.
Ngoài những khoáng sản kể trên còn có đá quý, bán đá quý trữ lượng khoảng 4.000 kg nằm trên diện tích khoảng 50 km2 tạo thành dải ở phía Bắc và phía Tây Hồ Thác Bà gồm các loại đá: Rubi, Sfinef, Tuamalin, Grơna, Thạch anh... và không dưới 3 triệu m3 cát quặng, vàng, Galen, Photphorit, Than nâu...